Para o cumprimento de suas atividades finalísticas, a Secretaria da Controladoria-Geral do Estado está organizada de acordo com as principais macrofunções de Controle Interno: auditoria, correição, ouvidoria, orientação e transparência. A estrutura básica é representada por diretorias que são administrativamente subordinadas à secretária da Controladoria-Geral do Estado, sendo parte do Sistema de Controle Interno do Estado de Pernambuco.

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Organograma SCGE 2019